Software de edición de video.

En estos días estoy pasando a disco duro mi colección de BDs. Para ello estoy utilizando DVDFab 9. Los estoy convirtiendo a .mkv en modo Passthrough. El programa, en general, está bien pero tiene algunas carencias. Se da el caso de que algunos BDs no es capaz de leerlos. Unas veces me da el error que ya indiqué en otro hilo https://www.audioplanet.biz/t71708-error-en-dvdfab-9 . En un disco me ha dado un error de lectura y otros, sencillamente no es capaz de leerlos a una velocidad razonable. Afortunadamente no han sido muchos.
Otro problema que tiene es que no es capaz de unificar archivos en modo passthrough. El caso es que con las versiones extendidas de El Señor de los Anillos me gustaría dejarlo en un sólo fichero y hacer una unión de los dos archivos de una manera decente (sin saltos raros o espacios en negro. Me he bajado algún software como Avidemux 2.6, MKVToolnix y algún otro pero ninguno termina de funcionar bien. En ese sentido, os agradecería que me recomendaseis alguno que sea libre o "libre" Dejarlo en dos ficheros, con mala calidad o con uniones feas me crea ansiedad
En fin, gracias de antemano y saludos